| Achrain | Buchen-Tannen-Fichtenwaldungen mit Edellaubbäumen in den Allgäuer Molassevoralpen | Bergmischwald | Schwaben |
| Ascholdinger Au | Auwald an der Isar mit vorherrschender Kiefer | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Böhlgrund | Kolline bis submontane Buchen-, Eichen- und Eichenmischwälder mit hoher Baumartenvielfalt | Buchenwald | Unterfranken |
| Böhmlach | Schwarzerlen-Bruchwald in der Rezat-Rednitzsenke | Au- u. Bruchwald | Mittelfranken |
| Breitenbrucker Weiher | Waldkiefern-Moorwald mit Moorbirke und Fichte im Oberpfälzer Becken | Au- u. Bruchwald | Oberpfalz |
| Brucker Lache | Eschen-Schwarzerlen-Bruchwald mit Fichten und Kiefern in der Rezat-Rednitzsenke | Au- u. Bruchwald | Mittelfranken |
| Bruckschlägelleite | Buchen-Fichten-Wald in der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Niederbayern |
| Brunnenschlag | Mischwald aus Esche, Bergahorn, Fichte, Buche, Eiche auf der Schwäbischen Riesalb | Edellaubwald | Schwaben |
| Brunnstube | Buchen-Eichen-Hainbuchen-Wald mit Sukzessionsflächen im Steigerwald | Buchenwald | Oberfranken |
| Dachsbau | Artenreicher ehemaliger Mittelwald auf Muschelkalk in der Nördlichen Fränkischen Platte | Edellaubwald | Unterfranken |
| Damm | Buchen-Fichten-Kiefernwald im Westlichen Niederbayerischen Tertiärhügelland | Buchenwald | Niederbayern |
| Deutschholz | Eichen-Hainbuchenwald auf Keuper in der Fränkischen Platte | Eichenwald | Unterfranken |
| Deutschordensbrand | Buchen-Eichen-Hainbuchen-Wald auf der Riesalb (Egaualb) (ehemaliger Mittelwald) | Eichenwald | Schwaben |
| Dianensruhe | Eichen-Hainbuchen-Wald auf Muschelkalk in der Nördlichen Fränkischen Platte | Eichenwald | Unterfranken |
| Donauhänge | Edellaubbaumreicher Buchenwald mit Nadelbäumen in der südl. Frankenalb | Buchenwald | Niederbayern |
| Dreiangel | Eschen-Ulmen-Auwald im Donauried | Au- u. Bruchwald | Schwaben |
| Dumler | Eichen-Hainbuchenwald auf der Schwäbischen Riesalb | Eichenwald | Schwaben |
| Dürrenberg | Kiefernwald im Oberpfälzer Becken | Kiefernwald | Oberpfalz |
| Dürrerbühl | Spirkenhochmoor und Schwarzerlenbruch in der Schwäbischen Jungmoräne | Moore, Moorwald | Schwaben |
| Echinger Lohe | Eichen-Hainbuchenwald mit Edellaubbäumen in der Nördlichen Münchner Schotterebene | Edellaubwald | Oberbayern |
| Ehrensberger Rain | Buchen-Ahorn-Eschen-Mischwald auf Tertiär entlang der Iller im Vorallgäu | Buchenwald | Schwaben |
| Eichhall | Uralteichenbestand im Hochspessart | Eichenwald | Unterfranken |
| Eisgraben | Artenreicher Schluchtwald in der Hochrhön | Buchenwald | Unterfranken |
| Elsbach | Artenreicher Laubmischwald an den Einhängen des Elsbaches in der Hochrhön | Edellaubwald | Unterfranken |
| Englöd | Buchenwald im Östlichen Niederbayerischen Tertiärhügelland | Buchenwald | Niederbayern |
| Eschenschlag | Eschen-Eichen-Mischwald der Fränkischen Platte (ehemaliger Mittelwald) | Edellaubwald | Mittelfranken |
| Falken | Eschen-Winterlinden-Buchen-Mischwald auf der Riesalb (ehemaliger Mittelwald) | Edellaubwald | Schwaben |
| Fasanerie | Eichen-Eschen-Hainbuchen-Wald auf der Nördlichen Münchner Schotterebene | Eichenwald | Oberbayern |
| Fichtelseemoor | Spirkenhochmoor des hohen Fichtelgebirges | Moore, Moorwald | Oberfranken |
| Fischbach | Latschen-Spirken-Fichten-Lärchen-Laubholzbestände zwischen Schotterkegeln in den Chiemgauer Alpen | Bergmischwald | Oberbayern |
| Frauenberg | Edellaubbaumreiche Buchenwälder mit Fichtenbeimischung im Bayerischen Wald | Buchenwald | Niederbayern |
| Friedergries | Fichten-Kiefern-Spirkenwald auf Schüttkegel in den Bayerischen Kalkalpen | Kiefernwald | Oberbayern |
| Fuchsberg | Artenreicher ehemaliger Mittelwald der Frankenhöhe | Edellaubwald | Mittelfranken |
| Gailenberg | Buchenwald am Rand des Westlichen Vorderen Bayerischen Waldes | Buchenwald | Oberpfalz |
| Gansbrunn | Ehemaliger Mittelwald aus Eiche, Hainbuche und Buche in der Vorrhön | Eichenwald | Unterfranken |
| Gänsnest | Artenarmer Kiefernwald im Waldsassener Schiefergebiet | Kiefernwald | Oberpfalz |
| Gaulkopf | Buchen- Eichenwald im ehemaligen Heisterblock | Buchenwald | Unterfranken |
| Geige und Seewand | Fichten-Tannen-Buchenwälder der Steillagen im Inneren Bayerischen Wald | Bergmischwald | Niederbayern |
| Geißklamm | Blockschuttreiche Fichten-Tannen-Buchenwälder in den Chiemgauer Alpen | Bergmischwald | Oberbayern |
| Geissmann | Artenarmer Kiefernwald im Obermainhügelland | Kiefernwald | Oberfranken |
| Geuderleite | Buchen-Eschen-Bergahorn- und Fichtenwald in der Oberbayerischen Jungmoräne | Buchenwald | Oberbayern |
| Gitschger | Buchenwald mit Bergahorn, Esche Fichte, Lärche und Birke im Mitterteicher Basaltgebiet | Buchenwald | Oberpfalz |
| Göppelt | Artenreicher Laubmischwald am Anstieg vom südlichen Albvorland zur Frankenalb | Edellaubwald | Mittelfranken |
| Grenzweg | Artenarmer Kiefernwald mit Flechten im südlichen Albvorland | Kiefernwald | Mittelfranken |
| Groppenhofer und Rieder Leite | Buchenwald der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Oberbayern |
| Großes Moor | Übergangs- und Hochmoor der Hochrhön | Moore, Moorwald | Unterfranken |
| Grübel | Hochlagen-Fichtenwald des Inneren Bayerischen Waldes in SSO-Exposition | subalpiner Nadelwald | Niederbayern |
| Gscheibte Loh | Spirkenhochmoor im Oberpfälzer Becken- und Hügelland | Moore, Moorwald | Oberpfalz |
| Haarbruck | Schwarzerlenwald mit Edellaubbäumen in der Donauniederung | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Habichtsbaum | Buchenwald mit Eiche, Esche, Schwarzerle und Fichte im Neuburger Wald | Buchenwald | Niederbayern |
| Halde | Artenreiche Laubmischwaldungen der Iller-Lech-Schotterplatte | Edellaubwald | Schwaben |
| Hammerleite | Buchen-Eschen-Bergahorn-Wald mit Fichte in der südlichen Frankenalb | Edellaubwald | Niederbayern |
| Hammerleite | Buchenwald mit beigemischter Fichte im Frankenwald (SSW-Exposition) | Buchenwald | Oberfranken |
| Hecke | Edellaubbaumreiche Buchenwälder mit Fichte im Neuburger Wald | Buchenwald | Niederbayern |
| Heilige Hallen | Eichen-Buchen-Hainbuchen-Wald der Frankenhöhe | Eichenwald | Mittelfranken |
| Hengstberg | Buchen- und Fichtenwald in der Wunsiedler Bucht | Buchenwald | Oberfranken |
| Hetschenlach | Kiefern-Fichten-Spirkenwälder im Oberpfälzer Becken | Au- u. Bruchwald | Oberpfalz |
| Hofwiese | Buchen-Eichen-Wald im Baunach-Hügelland | Buchenwald | Oberfranken |
| Hoher Knuck | Buchenwald mit Eiche auf Buntsandstein im Hochspessart | Buchenwald | Unterfranken |
| Höllgraben | Buchen-Eichen-Hainbuchen-Wald der Frankenhöhe | Buchenwald | Mittelfranken |
| Hüttenhänge | Artenreicher Buchenwald mit Bergahorn, Tanne und Fichte im Inneren Oberpfälzer Wald | Buchenwald | Oberpfalz |
| Isarau | Baumweiden-Weißerlen-Schwarzpappelwald mit Fichte in der Isarau | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Jachtal | Ehemaliger Eichenmittelwald mit großkronigen Schaufelbuchen am Nordwestrand der Frankenhöhe | Eichenwald | Mittelfranken |
| Jagerboden | Edellaubbaumreicher Bergschluchtwald in den Chiemgauer Alpen | Bergmischwald | Oberbayern |
| Jakelberg | Schneeheidekiefernwald auf Hauptdolomit in den Bayerischen Kalkalpen | Kiefernwald | Oberbayern |
| Jungholz | Artenreicher Laubmischwald an der Steilstufe zum Donauried | Edellaubwald | Schwaben |
| Kaisersberg | Buchenwald an den Innleiten und Bächen | Buchenwald | Oberbayern |
| Kalkberg | Buchen-Wald mit Edellaubbäumen und Fichte auf Kalk in der Kuppenrhön | Buchenwald | Unterfranken |
| Karolinenwörth | Eschen-Ulmen-Auwald mit Kiefer und Weide im Donauried | Au- u. Bruchwald | Schwaben |
| Kienberg | Buchenwald mit örtlicher Fichtenbeimischung in den Berchtesgadener Hochalpen | Buchenwald | Oberbayern |
| Kitschentalrangen | Artenreicher Laubmischwald im Obermainhügelland | Edellaubwald | Oberfranken |
| Klamm | Buchen-Fichten-Eichenwald auf felsigem Nordosthang der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Niederbayern |
| Kleinengelein | Buchenaltbestand mit verschieden, umgebenden jüngeren und mittelalten Mischbeständen | Buchenwald | Unterfranken |
| Kleines Moor | Karpatenbirken-Moorwald der Hochrhön | Moore, Moorwald | Unterfranken |
| Knittelschlag | Buchenwald in der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Niederbayern |
| Krakel | Fichten-Tannen-Buchenwälder auf Blockschutt im Vorderen Bayerischen Wald | Bergmischwald | Niederbayern |
| Krebswiese - Langerjergen | Buchen-Fichten-Wald auf Deckenschotter der Iller-Lech-Schotterplatte | Buchenwald | Schwaben |
| Kreuzbuckel | Buchenwald am Westrand des Hochspessarts | Buchenwald | Unterfranken |
| Kühberg | Buchen-Tannen-Fichtenwald im südlichen Frankenwald | Buchenwald | Oberfranken |
| Leitenwies | Buchen- und Stieleichenwald mit Fichte im Neuburger Wald | Buchenwald | Niederbayern |
| Lohntal | Artenreicher Mischwald (vorherrschend Buche) im nördlichen Albvorland | Buchenwald | Oberfranken |
| Lösershag | Buchen-Wald mit Edellaubbäumen auf Basalt in der Kuppenrhön | Edellaubwald | Unterfranken |
| Mannsberg | Buchenwald mit Fichten im Nördlichen Oberpfälzer Jura | Buchenwald | Oberpfalz |
| Markscheide | Fichten-Hochlagenwald auf Blockfeldern im Inneren Bayerischen Wald | subalpiner Nadelwald | Niederbayern |
| Mittelberg | Artenreicher Laubmischwald am Juraanstieg | Buchenwald | Oberpfalz |
| Mitteleich | Eichen-Hainbuchenwald der Riesalb (Egaualb) | Eichenwald | Schwaben |
| Mooser Schütt | Auwaldungen der Donau mit Esche, Eiche, Schwarzpappel, Weide und Feldulme | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Mordgrund | Schluchtwälder und Laubmischwälder am Steigerwaldanstieg | Edellaubwald | Unterfranken |
| Murner Filz | Latschenmoor mit Fichte, Kiefer, Birke in der Inn-Jungmoräne | Moore, Moorwald | Oberbayern |
| Naabrangen | Buchen-Fichtenwald auf Frankendolomit der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Oberpfalz |
| Nesselsee | Ehemaliger Mittelwald aus vorherrschender Eiche mit Buche, Hainbuche, Linde und Fichte in den Haßbergen | Eichenwald | Unterfranken |
| Neugeschüttwörth | Eschen-Ulmen-Auwald im Donauried | Au- u. Bruchwald | Schwaben |
| Neukreut | Auwaldbestand (Edellaubholz mit Eiche) auf alluvialen Ablagerungen in der Inn-Jungmoräne | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Oberoblander Filz | Spirkenhochmoor der Jungmoräne mit Fichte, Birke und Erle | Moore, Moorwald | Oberbayern |
| Oberreintal | Fichtenwald mit Zirbe und Bergahorn im Wettersteinmassiv | subalpiner Nadelwald | Oberbayern |
| Osta | Stieleichen-Winterlinden-Wald im Oberpfälzer Becken- und Hügelland | Eichenwald | Oberpfalz |
| Platte | Buchenwälder mit Eiche in der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Niederbayern |
| Platzer Kuppe | Buchen-Wald auf Vulkankuppe in der Kuppenrhön | Buchenwald | Unterfranken |
| Pupplinger Au | Auwald an der Isar mit Kiefer, Weißerle, Fichte, Weide | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Rainersgrund | Buchenwald mit Edellaubbäumen im Frankenwald | Buchenwald | Oberfranken |
| Ramschleite | Buchen-Fichtenwald des Frankenwaldes (ONO-Exposition) | Buchenwald | Oberfranken |
| Rauher Kulm | Bergmischwälder, Buchenwälder und Blockschuttwälder im Vorderen Bayerischen Wald | Bergmischwald | Niederbayern |
| Rehberg | Fichten-Tannen-Buchenwälder im Bayerischen Wald | Bergmischwald | Niederbayern |
| Reiteralpe | Lärchen-Fichten-Zirben-Wälder in den Berchtesgadener Hochalpen | subalpiner Nadelwald | Oberbayern |
| Riedholz | Traubenkirschen-Erlen-Eschenwald umgeben von Resten ehemaliger Mittelwälder im Schweinfurter Becken | Au- u. Bruchwald | Unterfranken |
| Rießloch | Bergmischwald im Inneren Bayerischen Wald | Bergmischwald | Niederbayern |
| Rohrhalde | Buchen-Fichten-Tannen-Wald mit Edel-laubholz am Einhang zum Günztal in der Iller-Lech-Schotterplatte | Buchenwald | Schwaben |
| Rotensteiner Rain | Buchen-Eschen-Wald mit Fichte auf Tertiär entlang der Iller im Vorallgäu | Edellaubwald | Schwaben |
| Rusler Wald | Fichten-Tannen-Buchenwälder auf Blockhalde im Vorderen Bayerischen Wald | Bergmischwald | Niederbayern |
| Sassau | Fichten-Tannen-Buchen-Wald mit Edellaubbäumen und Eiben | Bergmischwald | Oberbayern |
| Sauhübel | Kiefernwald im Oberpfälzer Becken- und Hügelland | Kiefernwald | Oberpfalz |
| Schelm | Artenreicher Laubmischwald am Rande der Frankenhöhe | Eichenwald | Mittelfranken |
| Schiederholz | Schwarzerlenwald in der Donauniederung | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Schlapbach | Fichten-Tannen-Buchenwälder in den Chiemgauer Alpen | Bergmischwald | Oberbayern |
| Schloßberg | Artenreicher Laubmischwald auf Basalt in der Hochrhön | Edellaubwald | Unterfranken |
| Schloßhänge | Buchenwald mit Edellaubbäumen im Oberpfälzer Wald | Buchenwald | Oberpfalz |
| Schmidtsberg | Buchen-Fichtenwald des Frankenwaldes (Westexposition) | Buchenwald | Oberfranken |
| Schneetal | Buchen-(Fichten)-Wald am Anstieg aus dem Ries in die Südliche Frankenalb | Buchenwald | Schwaben |
| Schönleitenmoos | Spirkenhochmoor mit Fichtenmoorrandwald der Schwäbischen Jungmoräne | Moore, Moorwald | Schwaben |
| Schönramer Filz | Kiefern-Fichten-Birken-Moorwald in der Östlichen kalkalpinen Jungmoräne | Moore, Moorwald | Oberbayern |
| Schönwald | Buchen-Lärchen-Fichtenwald in der Oberbayerischen Jungmoräne | Buchenwald | Oberbayern |
| Schornmoos | Spirkenhochmoor in der Schwäbischen Jungmoräne | Moore, Moorwald | Schwaben |
| Schrofen | Fichten-Tannen-Buchen-Wald im Wettersteinmassiv | Bergmischwald | Oberbayern |
| Schubertswald | Eichen-Buchen-Wald mit Fichten-Lärchen- und Stroben-Beimischung auf Buntsandstein im Nordspessart | Buchenwald | Unterfranken |
| Schwarzes Moor | Hochmoor mit Birke (Kiefer, Fichte) in der Hochrhön | Moore, Moorwald | Unterfranken |
| Schwarzwihrberg | Buchen-Fichten-Wald im Vorderen Oberpfälzer Wald | Buchenwald | Oberpfalz |
| Schweinsdorfer Rangen | Buchen-Eichenwald auf der Steilstufe der Frankenhöhe | Buchenwald | Mittelfranken |
| Schwengbrunn | Ehemaliger Mittelwald mit vorwiegend Eiche im Fränkischen Bruchschollenland | Eichenwald | Oberfranken |
| Seeben | Eichen-Hainbuchenwald auf Deckenschotter der Iller-Lech-Schotterplatte | Eichenwald | Schwaben |
| Seebuchet | Sukzessionsfläche mit Buchenrestbestand auf Drumlin in der Oberbayerischen Jungmoräne | Buchenwald | Oberbayern |
| Seelaub | Geprägt durch Schwarzerlenbestände | Au- u. Bruchwald | Oberfranken |
| Seeloch | Hochlagen-Fichtenwald und Bergmischwald des Inneren Bayerischen Waldes in NNO-Exposition | subalpiner Nadelwald | Niederbayern |
| Senkele | Buchen-Tannen-Fichtenwald auf Faltenmolasse der Lech-Vorberge | Bergmischwald | Schwaben |
| Speckfeld | Buchen-Eichen-Hainbuchen-Wald des südlichen Steigerwaldes | Eichenwald | Unterfranken |
| Spielberger Leiten | Artenreicher Laubmischwald des südlichen Albvorlandes | Edellaubwald | Mittelfranken |
| Stachel | Artenreicher ehemaliger Mittelwald in den Haßbergen | Eichenwald | Unterfranken |
| Stengerts | Prächtige Buchenaltbestände und große Vorkommen von Edellaubbäumen | Buchenwald | Unterfranken |
| Stückberg | Buchen-Fichten-Wald im Inneren Oberpfälzer Wald | Bergmischwald | Oberpfalz |
| Sulz | Eichen-Hainbuchen-Buchenwald auf der Schwäbischen Riesalb | Buchenwald | Schwaben |
| Taufersalpschachen | Fichten-Tannen-Buchen-Wald in den Allgäuer Hochalpen | Bergmischwald | Schwaben |
| Teufelsgesperr | Buchen-Fichten-Kiefern-Wald im Vorderen Bayerischen Wald am Übergang zum Oberpfälzer Becken | Buchenwald | Oberpfalz |
| Tiroler Achen | Auwälder im Mündungsdelta der Tiroler Achen in den Chiemsee | Au- u. Bruchwald | Oberbayern |
| Totengraben | Fichten-Tannen-Buchenwälder auf Hauptdolomit in den Bayerischen Kalkalpen | Bergmischwald | Oberbayern |
| Tucherwald | Buchen-Eichenwald mit zahlreichen Mischbaumarten der südlichen Frankenalb | Buchenwald | Oberbayern |
| Turmkopf | Eschen-Buchenwald mit Fichte im Schotterriedel- und Hügelland (Einhang zum Wertachtal) | Edellaubwald | Schwaben |
| Tuschberg | Fichten-Tannen-Buchenwald auf Hauptdolomit in den Bayerischen Kalkalpen | Bergmischwald | Oberbayern |
| Waldhaus | Buchen-Wald mit Eiche, Hainbuche, Esche und Schwarzerle im nördlichen Steigerwald | Buchenwald | Oberfranken |
| Waldkugel | Buchenwälder in der Fränkischen Platte | Buchenwald | Unterfranken |
| Waldstein | Buchen-Fichten-Wald des hohen Fichtelgebirges | Bergmischwald | Oberfranken |
| Wasserberg | Buchenwald mit Eiben in der Nördlichen Frankenalb | Buchenwald | Oberfranken |
| Weiherbuchet | Buchenwald mit Fichte auf nord-exponierten Terrasseneinhängen der Würmendmoräne | Buchenwald | Oberbayern |
| Wertachhalde | Buchen-Tannen-Fichten-Wald am Steilhang zur Wertach in der Schwäbischen Jungmoräne | Bergmischwald | Schwaben |
| Wessenbergfilz | Hochmoor und Moorrandwald der Jungmoräne mit Fichte, Birke und Erle | Moore, Moorwald | Oberbayern |
| Westerholz | Eichen-Hainbuchenwald auf der Landsberger Altmoräne | Eichenwald | Oberbayern |
| Wettersteinwald | Fichtenwald mit Zirbe und Latsche im Wettersteinmassiv | subalpiner Nadelwald | Oberbayern |
| Wildacker | Artenreicher Laubmischwald auf Muschelkalk in der Fränkischen Platte | Edellaubwald | Unterfranken |
| Wolfsee | Artenreicher Laubmischwald am Anstieg aus der südlichen Gipskeuperplatte in den Steigerwald | Eichenwald | Unterfranken |
| Wolfsruhe | Ehemaliger Mittelwald aus Eiche, Hainbuche und Linde in der Nördlichen Keuperabdachung | Eichenwald | Oberfranken |
| Zwerchstück | Eichen-Hainbuchen-Wald am Übergang von der Fränkischen Platte zum Steigerwald | Eichenwald | Unterfranken |
| Zwicklfilz | Latschenhochmoor mit Fichtenmoorrandwald im Inneren Bayerischen Wald | Moore, Moorwald | Niederbayern |